I mongoli sono un popolo molto spirituale. Lo sciamanesimo in Mongolia ha avuto origine circa 5000-6000 anni fa, raggiungendo il suo apice durante il III secolo a.C. Lo sciamanesimo si basa sul rispetto e sull'adorazione della natura. Per secoli, lo sciamanesimo ha influenzato l'atteggiamento dei nomadi verso la natura. Il rispetto per la natura si manifesta ancora oggi nell'usanza di adorare ed erigere ovoo (pali di pietra con offerte in cima alle montagne). Lo sciamanesimo mongolo venera i tre totem: il padre dei cieli, la madre della terra e gli spiriti degli antenati. Gli sciamani eseguono divinazioni indossando costumi speciali e utilizzando strumenti rituali particolari. Oggi, lo sciamanesimo è ancora praticato tra i gruppi etnici Tsaatan, Tuva e Buriad che vivono nell'area di Khuvsgul e nella parte orientale della Mongolia.

Il buddismo si diffuse in Mongolia in tre grandi ondate. La prima ondata fu portata dal commercio lungo la Via della Seta, una parte della quale attraversava la parte meridionale della Mongolia. La seconda ondata arrivò durante il regno di Khubilai Khan. L'ultima iniziò nel XVI secolo da parte di Under Gegeen Zanabazar, il primo Bogdo o leader teocratico della Mongolia, un discendente diretto di Gengis Khan. Egli elaborò rituali lamaisti, norme per i lama riguardanti la creazione di attributi e strumenti musicali per i rituali religiosi e i servizi di culto pubblico. Il buddismo in Mongolia appartiene al Mahayana, il Grande Insegnamento della Ruota. Tra il XVI e il XVIII secolo furono costruiti circa 800 monasteri e complessi templari sul territorio della Mongolia, la maggior parte dei quali fu distrutta durante la persecuzione religiosa degli anni '30 da parte dei comunisti. Oggi, il buddismo sta vivendo un risveglio con la restaurazione di oltre 100 monasteri e templi e un ritorno alla libertà di credo e di culto per i mongoli.